1. ปัญหาสิ่งแวดล้อมบริเวณที่ทำเหมืองแร่ อาจทำให้คุณภาพน้ำในแหล่งน้ำใกล้เคียง เสื่อมโทรม เพราะเกิดจากการชะล้างที่เกิดจากการทำเหมืองแร่ลงสู่แหล่งน้ำ เช่น แหล่งน้ำมีสารหนูเงิน สังกะสี ทองแดง ตะกั่วปนเปื้อน อาจเป็นอันตรายต่อผู้นำน้ำไปใช้เพื่อบริโภคและอุปโภค
2. การเปิดหน้าเหมืองแร่เป็นการพลิกหน้าดิน ทำให้ผิวดินบริเวณนั้นขาดความอุดมสมบูรณ์ สกปรก พื้นที่ขุรขระ มีหลุมบ่อมากมาย จึงถูกปล่อยทิ้งใช้ประโยชน์ไม่เต็มที่
3. ปัญหาการใช้แร่ธาตุบางประเภทเป็นจำนวนมาก หรือการใช้แร่ไม่คุ้มค่า ไม่ประหยัด อาจทำให้ขาดแคลนตลอดไป
4. การทำเหมืองแร่ในพื้นที่เสี่ยงดินโคลนถล่ม ยิ่งทำให้เกิดความเสี่ยงจากดินโคลนถล่มหนักมากยิ่งขึ้น เพราะการทำเหมืองแร่มีการทำลายป่า และเปิดหน้าดิน มีการระเบิดหินเพื่อเอาแร่ ซึ่งทำลายความมั่นคงของธรณี

เหมืองแร่ในจังหวัดนครศรีธรรมราช