สภาพปัญหาด้านทรัพยากรน้ำของจังหวัดนครศรีธรรมราช ประกอบด้วย ปัญหาขาดแคลนน้ำปัญหาพื้นที่เสี่ยงภัยน้ำท่วม และปัญหาด้านการจัดการป่าต้นน้ำ โดยภาพรวมของปัญหาสามารถสรุปได้ ดังนี้
- 1) ปัญหาขาดแคลนน้ำ เนื่องจากขาดระบบหน่วงน้ำตามธรรมชาติ ช่วงฤดูแล้งระหว่างเดือนกุมภาพันธ์ถึงเดือนเมษายน มีปริมาณฝนตกน้อย อีกทั้งการพัฒนาแหล่งกักเก็บน้ำยังมีน้อย พื้นที่การเกษตรส่วนใหญ่ปลูกยางพารา ปาล์มน้ำมัน และการทำนาที่ต้องการน้ำมาก ทำให้หลายพื้นที่ประสบปัญหาขาดแคลนน้ำ นอกจากนี้การเติบโตของแหล่งท่องเที่ยวขนาดใหญ่และภาคธุรกิจต่าง ๆ มีความต้องการใช้น้ำในฤดูแล้งสูงขึ้น การถมที่เพื่อทำที่อยู่อาศัยมากขึ้น เริ่มประสบปัญหา การจัดหาระบบสาธารณูปโภคและทรัพยากรสำหรับผู้ที่อาศัยอยู่ในเมืองเกิดปัญหาขาดแคลนน้ำอุปโภค
- 2) ปัญหาพื้นที่เสี่ยงภัยน้ำท่วม จังหวัดนครศรีธรรมราชพบทั้งปัญหาน้ำท่วมและน้ำหลากในช่วงฤดูฝน เดือนตุลาคมถึงเดือนธันวาคม ทำให้พื้นที่จังหวัดนครศรีธรรมราชประสบปัญหาน้ำท่วมทุกปี และปริมาณน้ำที่หลากมาจากพื้นที่ตอนบนที่เป็นพื้นที่ต้นน้ำ เนื่องจากขาดโครงสร้างชะลอและกักเก็บน้ำ คลองธรรมชาติเดิม ถูกบุกรุก ทำให้มีสภาพไม่เหมาะสมในการกักเก็บและชะลอน้ำ ประกอบกับคลองระบายน้ำตื้นเขิน มีสิ่งก่อสร้าง กีดขวางทางน้ำไหล จึงทำให้น้ำไหลล้นตลิ่งเข้าท่วมพื้นที่เสียหายสถานการณ์น้ำท่วม ในจังหวัดนครศรีธรรมราช
- 3) ปัญหาด้านการจัดการ ต้นน้ำ การบุกรุกพื้นที่ป่าเพื่อทำการเกษตรทำให้มีพื้นที่ป่าลดลง ส่งผลให้ปริมาณน้ำป่าเปลี่ยนแปลง พบมากในพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติที่ประกาศเป็นเขตป่าเพื่อการอนุรักษ์ สำหรับเขตอุทยานแห่งชาติและเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่ามีการบุกรุกบริเวณเขตติดต่อ พื้นที่ที่มีการบุกรุกจำนวนมากมักพบปัญหาการชะล้างพังทลายของดิน ซึ่งมีสาเหตุมาจากการทำการเกษตรในพื้นที่ลาดชัน และไม่มีมาตรการอนุรักษ์ดินและน้ำที่เหมาะสม และเมื่อป่าตันน้ำถูกทำลายสมดุลน้ำจึงลดลง
- 4) ปัญหาน้ำเค็มบุกรุก เนื่องจากปริมาณน้ำจืดที่ลดลงไม่สามารถช่วยผลักดันน้ำเค็มรุกเข้าพื้นที่ได้ โดยน้ำเค็มแพร่กระจายเข้าไปในแม่น้ำปากพนัง ในช่วงฤดูแล้ง เนื่องจากท้องแม่น้ำมีความลาดชันน้อยมาก ทำให้น้ำในแม่น้ำลำคลองในพื้นที่มีความเค็มถึง 9 เดือนต่อปี (มกราคม-กันยายน) ส่งผลกระทบต่อการปลูกพืชโดยทั่วไป
- 5) ปัญหาน้ำเปรี้ยว ตอนกลางของพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนังมีสภาพลุ่มต่ำ น้ำท่วมขังตลอดปี คือพรุควนเคร็ง และ พรุคลองฆ้อง ดินพรุมีสารประกอบไพไรท์ตกตะกอนอยู่ เมื่อระดับน้ำลดลงจนชั้นไพไรท์สัมผัสกับอากาศ จะเกิดปฏิกิริยาเคมี ทำให้ดินมีสภาพเป็นกรด และน้ำเปรี้ยว ส่งผลต่อระบบการผลิตข
- 6) ปัญหาการถ่ายเทน้ำเสีย ซึ่งเป็นน้ำเค็มจากบ่อเลี้ยงกุ้งระบายสู่แหล่งน้ำธรรมชาติ ทำให้เกิดผลกระทบต่อคุณภาพน้ำบริเวณชายฝั่ง อีกทั้งน้ำเค็มยังลุกลาม เข้าไปในพื้นที่นาข้าวและไม่สามารถปลูกพืชชนิดใดได้จนกลายเป็นความขัดแยังที่รุนแรงระหว่างราษฎรผู้เลี้ยงกุ้งกลาดำกับราษฎรผู้ทำนาข้าว
- 7) ปัญหาการทิ้งขยะ ปล่อยน้ำเสียและสิ่งปฏิกูลลงแหล่งน้ำสาธารณะ ทำให้เกิดปัญหามลพิษทางน้ำ และการระบายน้ำไม่สะดวกในฤดูน้ำหลากหรือในภาวะอุทกภัย